成立于2001年，受科技部合作司直接领导，负责"国际科技合作计划"的日常管理工作。"国际科技合作计划"是科技部在十五期间顺应国际科技发展趋势而设立的，旨在围绕国家科技发展战略，建立高层次、高水平的对外科技合作平台，以充分利用国际科技资源，增强我国科技自主创新能力，努力为国家经济建设和社会发展服务，为国家科技发展和建设中国特色国家创新体系服务，为国家的总体外交服务。
　　"国际科技合作计划"配合国家外交战略，有选择地资助一批政府间科技合作协定中的重点项目，以及一批有效利用全球科技资源，着力解决制约我国社会、经济、科技发展的重大科学问题和关键技术瓶颈，有利于实现"重点跨越"的重大国际科技合作项目。
　　计划办按照国家科技计划项目管理有关规定和要求，建立了一套自主知识产权的网络化项目管理平台"国际科技合作计划管理系统"，实行计划管理全程网络化，并在系统内集成了国际科技合作计划专家库（包含同行评议专家库和国际科技合作管理专家库，涉及 40个学科500个专业方向的4000多位专家）、 项目库 、 成果库及管理信息库等，为"国际科技合作计划"提供了丰富的高层次人才储备和强有力的技术支撑。
　　自2001年"国际科技合作计划"实施以来，计划办承担了大量的日常事务工作，包括承建网络管理系统、受理项目申请、组织项目评审、组织项目验收、收集项目成果、编纂计划年报、定期印发工作简报等。
　　同时，除"国际科技合作计划"管理工作外，计划办还承办双边、多边政府间科技合作协定备选项目的评审工作。迄今为止，计划办受科技部合作司委托，利用"国际科技合作计划管理系统"这一项目管理网络平台，已顺利完成了中葡、中斯、中希、中西、中澳、中日等双边、多边政府间科技合作预备项目的评审工作。

　　伴随着经济全球化进程的不断发展，科学技术的国际化趋势不断加强，科学技术进入了一个只有通过国际合作才能全面发展的时代。国际科技合作与交流已突破了原有的模式，从单一的纯学术交流到技术合作进而深入到经济领域，科技合作与经济合作日益融为一个不可分割的整体。在这种趋势下，科学技术资源（人才、资金、自然资源、基础设施和信息等）的国际市场正在逐步形成，获取和利用全球科技资源来促进本国的科技发展，以更低的成本、更高的效率获得更强大的竞争力，成为各国科技政策的既定方针。党的十六大提出：“在更大范围、更广领域、更高层次上参与国际经济技术合作和竞争，拓展经济发展空间，全面提高对外开放水平”。在当前经济全球化深入发展的新形势下，大力促进我国的国际科技合作事业，广泛有效利用全球科技资源，增强我国自主创新能力，提高国家科技竞争力，扩大我国国际战略资源、能源、技术利用和分享权益，是时代的要求，是历史赋予的使命，是国家发展的需要。
　　国家国际科技合作计划是国家层面上首个，也是唯一的旨在通过整合、统筹，充分利用全球科技资源，提高自主创新能力的对外国际科技合作与交流平台。“国家国际科技合作计划”作为国家科技计划体系中一个必不可少的组成，立足国民经济、社会发展和国家安全的重大需求，在国家层面上，汇聚和综合国家（包括部门和地方）各大科技计划中需要国际合作和可以对外开放的项目，统一对外开放与合作口径，全面吸引和充分利用国际科技资源，增强我国自主创新能力和提高国际竞争力，努力为国家经济建设和社会发展服务，为国家科技发展和建设中国特色国家创新体系服务，为国家的总体外交目标服务。
　　国际科技合作是我国科技工作和外交工作的重要组成部分。实施“国家国际科技合作计划”是落实我国国际科技合作战略，充分利用全球科技资源，解决科技、经济、社会发展中的重大瓶颈难题，在重点领域实现跨越式发展,提高我国自主创新能力的客观需求；是扩大我国国际战略资源、能源、技术利用和分享权益，实现新时期国家发展目标的有效手段；是落实政府间科技合作协定，推进双边、多边政治、经济、技术谈判和磋商，实现国家外交战略的重要保障。